Para mi ya no hay dudas acerca de que Base de datos ocupar para proyectos SIG en WEB, y mas si esta es con licencia del tipo BSD, con un buen rendimiento, excelente comunidad cuando hay dudas, yo recomiendo Postgresql con su extensión para datos espaciales Postgis.
Como también mencionar PgAdmin, que es el cliente que permite administrar gráficamente tu base de datos desde tu desktop, sin la necesidad de estar escribiendo lineas de código.
Una ventaja comparativa importante que tiene Postgresql, es que se puede instalar en windows, mac, solaris o linux, como tambien en 32 o 64 bits.
Después de un par de años ocupando Postgresql, y ver los avances que ha tenido en las funciones para manejo de datos geográficos, optimización para los indices espaciales, definitivamente me quedo con esta.
Para los que quieran conocer un poco mas de las otras alternativas, se las describo seguido de el correspondiente link: